Centrum Edukacji Przyrodniczej zostało podzielone na 4 działy funkcjonalne:

• Dział ekspozycyjny
• Dział edukacyjny
• Dział magazynowy
• Dział pracowniczy

Autorzy wizualizacji: Prof. dr hab. Krzysztof Wołowski, mgr Katarzyna Jagiełło

Ekspozycja wystawowa Centrum Edukacji Przyrodniczej podzielona została na następujące działy tematyczne:

1. Część zoologiczną obejmującą takie bloki tematyczne jak: Przegląd systematyczny zwierząt Rozmieszczenie zwierząt i roślin na Ziemi Przystosowanie organizmów do życia w różnych środowiskach Procesy specjacji – teorie tłumaczące powstawanie gatunków Zachowanie się zwierząt Zagrożenia środowiska naturalnego i jego ochrona, gatunki chronione Bioróżnorodność organizmów na przykładzie motyli oraz muszli mięczaków (duże kolekcje muszli i motyli)
2. Część antropologiczną, w której omówione są następujące tematy: Ewolucja człowieka Udomowienie zwierząt i roślin Zwierzęta pożyteczne i szkodliwe dla człowieka 3. Część geologiczną z blokami: Powstanie Wszechświata, Układu Słonecznego i planety Ziemia Historia Ziemi, ery geologiczne i ich charakterystyka, powstanie i historia życia w przeszłości Procesy geologiczne i ich produkty, tektonika, wietrzenie, surowce mineralne Budowa geologiczna Polski Struktury sedymentacyjne Skamieniałości śladowe

W budynku Centrum Edukacji Przyrodniczej znajdują się również sala wykładowa i ćwiczeniowa, w których są realizowane kursy dla studentów prowadzone przez Instytut Zoologii UJ. Zajęcia praktyczne z technik muzealnych są przeprowadzane w pracowni dermoplastycznej i innych pracowniach muzealnych, wykorzystywanych do obsługi ekspozycji.

Specjalną rolę dydaktyczną spełnia insektarium oraz przyległe do niego pomieszczenie hodowlane, w których, w warunkach pół-naturalnych, prowadzone są pod nadzorem pracowników naukowych obserwacje zachowania owadów oraz prace eksperymentalne z dziedziny etologii i ewolucjonizmu. Na zewnątrz w specjalnej gablocie prezentowany jest również model szkieletu gada kopalnego, stanowiącego ogniwo pośrednie pomiędzy archozaurami a dinozaurami o nazwie łacińskiej Smok Wawelski.

W części magazynowej zgromadzone są zbiory naukowe i zbiory służące do tworzenia stałej ekspozycji oraz tematycznych wystaw okresowych. W Centrum Edukacji Przyrodniczej zaprojektowano trzy magazyny w części zoologicznej (osobno na zbiory suche i mokre), dwa magazyny w części geologicznej na materiał skalny oraz jeden w części antropologicznej, głównie na materiał kostny. Wszystkie magazyny wyposażone są w klimatyzację utrzymującą właściwe warunki przechowywania zbiorów. Zaprojektowanie takich magazynów było niezwykle ważne, gdyż znaczna część zbiorów przechowywana była w wielu miejscach, w warunkach często uniemożliwiających ich właściwą ochronę. Łączna powierzchnia magazynów wynosi ponad 600 m².

W tej części zlokalizowano całe zaplecze do obsługi wszystkich powyższych działów, m.in. obsługa techniczna oraz administracyjna, pracownie muzealne, pracownia analiz molekularnych, pracownia plastyczna, gabinet dyrektora, pokoje pracowników. Mając na uwadze specyfikę wykorzystania poszczególnych pomieszczeń, zaplanowano w nich odpowiednie zabezpieczenia na wypadek skażenia chemicznego lub biologicznego (m.in. śluzy, wyciągi, dygestoria, zlewy z kanalizacją techniczną).